Sa odlaskom Osmanskog carstva javili su se brojni problemi u vezi s vakufima.Prvi je bio taj što u vrijeme osmanske vladavine nije postojala jedinstvena vakufska administracija na nivou Bosne i Hercegovine,nego su vakufi djelovali kao samostalne ustanove. Drugi problem jeste taj što austrougarska uprava nije razumjela pojam porodičnog vakufa pa se u tom smislu dešavalo da su mnogi plodouživaoci porodičnih vakufskih prihoda na sebe u vlasništvo pripisavali vakufska dobra.Da bi se uvelo reda u ovu situaciju,Austro-Ugarska je 1883.godine imenovala Zemaljsku vakufsku komisiju koja je upravljala vakufskim poslovima.Na ovaj način u Bosni i Hercegovini počinje da radi jedinstvena vakufska administracija,koja će kao prioritetan zadatak imati da izvrši popis svih postojećih vakufa.Nažalost,brojni vakufi neće biti popisani zbog nepravilnog rada austrougarske vakufske administracije,ali i zbog ekonomskog slabljenja i nestanka brojnih vakufa,kao i raznih malverzacija kojima je išla u prilog činjenica da su nestale vakufname ili svjedoci pojedinih vakufa.
Potom je 1894.godine austrougarska uprava formirala Zemaljsku vakufsku direkciju,u kojoj je,kao državnoj instituciji,sva vlast bila u rukama države.Iako je nova vakufska uprava funkcionirala kako treba,sređivala i izvršavala namijenjeni zadatak,muslimani nisu bili zadovoljni tom upravom jer u njenom radu nisu imali nikakvog učešća.Zbog toga nezadovoljstva Bošnjaci su 1899.pokrenuli borbu koja je imala za cilj da se osigura autonomija u upravi nad tri ključna elementa neophodna za očuvanje identiteta Bošnjaka,tj. u vjerskim,vakufskim i obrazovnim poslovima.Austro_Ugarska je 1909.godine,nakon aneksije BiH,udovoljila ovim zahtjevima donošenjem Štatuta za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova.Prema odredbama ovog statuta organi upravljanja vakufima bili su:Vakufsko-mearifski sabor,kao vrhovni autonomni i nadzorni organ za sve vakufe u BiH,koji su sačinjavali osam vjerski obrazovanih članova(reisu-l-ulema,vakufsko-mearifski direktor i šest mutevelija) i 24 člana biranih iz naroda.Predsjednik sabora je bio reisu-l-ulema.
I pored ovog administrativnog uređenja i borbe muslimana za autonomnu upravu vjerske administracije,na sceni su se dešavala brojna otuđenja vakufskih dobara.
VAKUFI U VRIJEME KRALJEVINE SHS
Nova državna tvorevina koja je nastala nakon završetka prvog svjetskog rata jeste Kraljevina Srba,Hrvata i Slovenaca(SHS).Prema samom državnom nazivu vidi se da Bošnjaci,odnosno muslimani nisu uvršteni u red povlaštenih naroda,pa je prema tome i politika nove državne tvorevine prema vakufima bila negativna.iako je nova država potpisivanjem međunarodnih sporazuma preuzela obaveze,između ostalog i garancije poštivanja vjerskih prava muslimana u novoj državi.
Tako je Kraljevina SHS donijela „Mjere o agrarnoj reformi“,kojima je u periodu 1918-1939.oduzeto oko četiri miliona dunuma vakufske zemlje(4.000.000 dunuma) i dvanaest i po miliona dunuma(12,500.000 dunuma zemlje-što vakufske što beglučke),a izraženo u procentima,to bi bilo 27,6% ukupne površine BiH.U to vrijeme,mnogim vlasnicima velikih zemljišnih posjeda oduzeto je oko 95% onoga što je bilo u njihovu vlasništvu.Spomenute činjenice su utemeljene na „Memorandumu udruženja bivših posjednika namjesniku Pavlu 27.09.1938.godine.A jednom odlukom Banjalučkog kotara iz 1939.godine oduzeto je od Gazijinog vakufa na prostoru Teslića i Tešnja 107.000 dunuma(1/3 obradivo zemljište a 2/3 šuma za sječu).
Samo u Sarajevu su u toku Kraljevine porušene 24 džamije iz ranog turskog perioda,zatim su porušene dvije medrese:1)Inadija medresa,na Bendbaši,i 2)Atmejdan-medresa(Misrijina),uz Bakr-babinu džamiju,na Atmejdanu,izvršena je ekshumacija 75 grebalja,108 dućana,118 kuća i dvorišta,oduzeto je 90 voćnjaka,vrtova,oranica i livada.
U to vrijeme srpska vlast je provodila projekat sistematskog naseljavanja Srba iz Srbije na prostor Bosne i Hercegovine,gdje je bilo dominantno bošnjačko stanovništvo.
Izvor:Vakufi u BiH(SA 2010).