Aneksija je u Srbiji odjeknula kao bomba. Srbi su rekli da im je nepošteno ispred nosa odnesena BiH. U Srbiji su držali masovne zborove i stvorili dva tajna društva za ujedinjenje svih Srba: “Narodnu odbranu” s ciljem da prikupi dobrovoljce za eventualne borbe. Srpsko nezadovoljstvo prema činu aneksije kulminiralo je 1914. godine atentatom Gavrila Principa na Austro-Ugarskog prestolonasljednika Franza Ferdinanda i njegovu suprugu Sofiju.
Aneksija je od početka predstavljala stalni cilj austrougarske politike u BiH. Samo tako mogla je Austro-Ugarska ostvariti svoje dalekosežne planove vezane za BiH i balkanski prostor. Zato se često kaže, da je aneksija starija i od same okupacije. U tom smislu, mada se sa međunarodnopravnog stanovišta smatrala privremenom, austrougarska uprava je od početka nastojala djelovati kao da je okupirana zemlja već uključena u Monarhiju.
Tokom 1892. godine prvi put je na zajedničkoj vladi i u vrhovima Monarhije raspravljano o mogućoj aneksiji BiH. Aneksija je zavisila od stanja međunarodnih odnosa, ali još više od sporazuma Austrije i Ugarske o načinu uklapanja BiH u dualističku strukturu Monarhije. Madarska vlada je tražila aneksiju na bazi podjele BiH tako što bi okruzi Banja Luka i Bihać pripali Ugarskoj, a Sarajevo, Travnik, Mostar i Tuzla – Austriji. Tome se protivila austrijska vlada, pa je car pitanje aneksije odložio za kasnije.
Rasprave o aneksiji obnovljene su u ljeto 1896. u vezi sa krizom u Turskoj izazvanoj Jermenskim i Kritskim ustankom. Zajednicka vlada je na sjednici 26. augusta 1896. zaključila da se aneksija izvrši u času “kad Turska padne pod likvidaciju”, tj. kada se ocijeni da predstoji raspad Osmanske carevine.
Izbijanjem mladoturske revolucije u julu 1908. ocijenjeno je da je taj uvjet ispunjen te da je došao trenutak za aneksiju. Kada su mladoturci 24. jula 1908. vratili u život liberalni osmanski ustav iz 1876. godine, pokrenuli su Muslimanska i Srpska narodna organizacija zajedničku akciju da BiH kao formalnopravno sastavni dio Osmanske carevine dobije svoj ustav. Zajednicka deputacija, koju su vodili predsjednici dviju organizacija, Ali-beg Firdus i Gligorije Jeftanović, predala je, u tom smislu, predstavku austrougarskom ministru finansija Burianu 7. septembra 1908. na Ilidži kod Sarajeva. Tu se zahtijevao “što skoriji, savremen i potpun Ustav za pripadnike Bosne i Hercegovine, bez rješavanja državno-pravnog položaja ovih zemalja”, tj. bez aneksije. Ustavom bi se garantirali jednakost, građanske i političke slobode, te uveo parlament. Po predaji predstavke, Firdus je i usmeno naglasio Burianu da se ustav traži “bezuslovno, tj. da se ne dira u ustavno-pravni položaj naše otadžbine”.
Vlada Monarhije je shvatila da je pitanje ustava u BiH veoma aktuelno ali se davanje ustava nije moglo zamisliti prije aneksije. Aneksija je proglašena 7. oktobra 1908. carskom proklamacijom stanovnicima BiH. Čin aneksije se pravdao potrebom donošenja ustava čiji je prvi uvjet jasno definiranje državno-pravnog položaja u BiH. Car je, cijeneći “političku zrelost” stanovnika BiH, odlučio da im daruje “konstitucionalne ustanove koje se odgovarati njihovim prilikama i zajedničkim interesima i stvoriti na taj način zakonsku podlogu za predstavništvo njihovih želja i koristi”. Prvi je i neophodni uvjet za uvođenje “ove zemaljske ustavnosti” određenje “jasna i nesumnjiva pravnog položaja” BiH. Zato car i kralj “proteže na nju svoju suverenost”.
Proglasom aneksije stavljene su evropske sile pred svršen čin. Proklamacija i sam akt aneksije, koji je londonski “Times” označio kao primjer “jezuitske kazuistike i političkog cinizma”, izazvali su veliku diplomatsku krizu. Britanija i Francuska ostale su na retoričkim protestima, da je aneksijom Austro-Ugarska jednostrano izmijenila Berlinski ugovor, što predstavlja “veliki udarac javnom povjerenju”. Aneksija je izazvala veliko uzbuđenje u Italiji i Rusiji, a posebno u Srbiji, Crnoj Gori i Turskoj.
Za smirivanje cijele krize presudan je bio stav Njemačke koja je odlučno podržala Austro-Ugarsku. Posredstvom njemačke diplomacije, Turska je poslije kraćih pregovora sa Austro-Ugarskom priznala aneksiju 26. februara 1909. čime je BiH i formalno pravno došla pod habsburgovski suverenitet. Tom prilikom Austro-Ugarska se odrekla svojih prava da drži garnizone u Novopazarskom sandžaku, obavezala se da se Porti isplatiti 2,5 miliona funti odštete i dati joj druge ekonomske koncesije, te posebno osigurati punu vjersku slobodu Muslimanima u BiH.
Nakon što je Njemačka, 21. marta 1909. godine predala vladi u Petrogradu ultimatum (“najvažniji dokumenat u krizi”), kojim je tražila da Rusija jasno i bezuvjetno prizna aneksiju, što je ova odmah učinila, ubrzo su ovaj državno-pravni čin priznale konačno Srbija i Crna Gora. 31. marta, odnosno 5. aprila 1909.
Ovaj događaj različito je prihvaćen među narodima Bosne i Hercegovine. Dok su se bošnjačka i srpska politička elita javno protivili aneksiji, hrvatski političari su pozdravljali ovaj potez.
Ono što treba napomenuti je i savezništvo Srba i Bošnjaka, koji su se otvoreno zalagali za autonomiju Bosne i Hercegovinu, doduše svaka strana zbog različitih interesa. Dok su Bošnjaci (tada Muslimani) željeli autonomiju zbog očuvanja vjere i vakufske imovine, srpska strana je autonomiju vidjela kao idealnu priliku za lakše ujedinjenje sa Srbijom.
Aneksija je u Srbiji odjeknula kao bomba. Srbi su rekli da im je nepošteno ispred nosa odnesena BiH. U Srbiji je aneksija izazvala veliko uzbuđenje, jer se osjećalo da se Austrija time učvršćuje na Balkanu i da želi da presiječe sve nade u budućnost srpske države. U Srbiji su držali masovne zborove i stvorili dva tajna društva za ujedinjenje svih Srba: “Narodnu odbranu” s ciljem da prikupi dobrovoljce za eventualne borbe i “Ujedinjenje ili smrt” (poznato i pod imenom “Crna ruka”). Potkraj 1908. godine bilo je već nekoliko ogranaka “Narodne odbrane” i u Bosni.
Kriza poslije proglašenja aneksije potrajala je gotovo šest meseci. Srbija se našla na ivici rata sa Austro-Ugarskom. Na granici je u raznim incidentima na obe strane izginulo mnogo vojnika i civila. Srbiju je od nauma da navijesti rat Austro-Ugarskoj odvratio ruski ministar spoljnih poslova Izvolsky: “Srbija mora ostati na miru i ne smije ničim izazvati Austriju kako joj ne bi pružila priliku da je satre”.
Srpski stav prema aneksiji najbolje se reflektira u tekstu Jovana Cvijića iz 1908. godine pod naslovom “Aneksija Bosne i Hercegovine i srpsko pitanje”. Cvijić je tada istakao da se “njime na očevidan način vrijeđa princip narodnosti, jer se definitivno stavlja pod tuđinsku upravu centralni dio srpskoga naroda, koji je već podjeljen na sedam koje uprava koje država.
Za Bosni i Hercegovini Cvijić je tada zapisao: “Ali kao neosporan minimum principa nacionalnosti mora vrijedeti to da se ne smije dati tuđinu, stranoj državi, centralna oblast i jezgro jednoga naroda, jer to znače Bosna i Hercegovina za srpski narod. One dakle nisu za Srbiju i srpski narod ono što su Alzas i Lotringija za Francuze ili Trenta i Trst za Italijane ili alpijske austrijske oblasti za Njemačku, već ono što je oblast Moskve za Rusiju i što su najčvršći dijelovi Nemačke i Francuske za ova dva naroda, oni dakle dijelovi koji su najbolji predstavnici njemačke i francuske rase. Ne sjediniti Bosnu i Hercegovinu sa Srbijom i Crnom Gorom ili im bar ne dati autonomnu upravu, već ih predati Austro-Ugarskoj, to znači stvoriti labilnu ravnotežu, pakleno stanje, koje ne da mira ni zavojevaču ni nacionalnom pretendentu i protiv koga su u stalnoj uzbuni sve žive sile jednoga naroda”. Također Cvijić je istakao da su Bosna i Hercegovina “oblasti čisto srpske rase”.
Srpsko nezadovoljstvo prema činu aneksije kulminiralo je 1914. godine atentatom Gavrila Principa na Austro-Ugarskog prestolonasljednika Franza Ferdinanda i njegovu suprugu Sofiju. Prosrpski orijentirana organizacija Mlada Bosna, čij je prepadnik bio Princip željela je na ovaj način pokazati šta misli o Austro-Ugarskoj i njenoj upravi na teritoriji Bosne i Hercegovine.
Poslije diplomatskog i unutrašnjeg političkog sređivanja aneksione krize ostalo je i dalje otvoreno pitanje državno-pravnog uključivanja BiH u postojeću ustavnu strukturu Dvojne monarhije. U razdoblju 1878-1908. od okupacije do aneksije, BiH je formalno-pravno bila osmanska provincija, ali je stvarna vlast u njoj pripadala Austro-Ugarskoj. Nakon aneksije BiH je i formalno-pravno postala habsburška pokrajina, ali je ona u okviru Monarhije zadržala osoben položaj. U dualistickoj strukturi Monarhije, u kojoj su sve pokrajine pripadale ili Cislajtaniji (Austriji) ili Translajtaniji (Ugarskoj), BiH je stajala kao treće zasebno tijelo.
BiH je smatrana za krunsku zemlju Habsburgovaca, kojom po ovlaštenjima vladara zajednički upravljaju vlade Austrije i Ugarske. Sa stanovišta unutrašnjeg pravnog poretka BiH je bila treća država unutar Monarhije, pošto se njen pravni sistem razlikovao i od austrijskog i od ugarskog pravnog poretka. Stanovnici BiH nisu pravno bili ni austrijski niti ugarski državljani, nego su statusno tretirani kao “bosanskohercegovački zemaljski pripadnici”. Kao corpus separatum unutar Monarhije BiH nije bila ravnopravna sa njene druge dvije države. BiH sve do Ustava nije imala nikakvih samoupravnih prava, niti je mogla učestvovati u tzv. zajednickim poslovima u Monarhiji, pa se u političkom pogledu nalazila u potpuno zavisnom položaju u odnosu na Austriju i Ugarsku.
Aneksija BiH je podstakla na raznim stranama, posebno u Hrvatskoj i među bh. hrvatskim političarima i prvacima, izvjesne nade u trijalističko preuređenje Habsburške carevine. Hrvatska javnost je nakon aneksije skoro jednodušno tražila “sjedinjenje Herceg-Bosne s Hrvatskom, Slovenijom i Dalmacijom u jedno državnopravno tijelo”. Car i kralj Franjo Josip ponovo se iskazao kao vjerni pristalica dualizma, pa su planovi da se državno-pravni položaj BiH riješi na trijalističkoj osnovi bili lišeni svake realne podloge. Aneksija je, ustvari, trajno razrušila takvu mogusnost, mada se propagandna temperatura i kombinatorika u Hrvatskoj veoma podigla. Ravnoteža odlučujućih činilaca u Monarhiji održala je i učvrstila kao politički najjednostavnije rješenje i u novim postaneksionim uvjetima: Bosnu i Hercegovinu kao krunski corpus separatum sa nekom vrstom ustava i sabora.