nažna eksplozija probudila je Bijeljince iza ponoći 31. marta 1992. godine. Aleksandar Zekić bacio je bombu u kafić kod autobuske stanice, tada je povrijeđeno šest osoba.
Bila je to najava agresije na ovaj gradu i terora koji će uslijediti narednih dana. Dan poslije, 1. aprila 1992. godine Bijeljina je gorjela.
U Bijeljinu 1. april, ulazi oko hiljadu pripadnika Srpske dobrovoljačke garde (SDG) i Mirkovih četnika, paravojne formacija koju je predvodio Mirko Blagojević, oni su sudjelovali u zauzimanju važnih struktura u gradu.
Ulaskom u Bijeljinu Arkan je preuzeo vlast u gradu te naredio sistematsko zlostavljanje i ubijanje muslimanskog stanovništva. Najmanje 48 civila je ubijeno, a leševi su danima ležali po ulicama.
Oko 3. aprila, Vojska Republike Srpske uklonila je tijela masakriranih u očekivanju dolaska delegacije Vlade Republike Bosne i Hercegovine sa zadatkom istrage o tome šta se dogodilo.
Na prvi dan Bajrama, 4. aprila Arkanova Srpska dobrovoljačka garda je preuzela potpunu kontrolu nad Bijeljinom. Arkan je tada u izjavi za medije govorio o “oslobođenoj Bijeljini”. Dok su Arkanovci “oslobađali Bijeljinu”, na minaretu džamije lepršala je srpska zastava, koju je Arkan postavio po ulasku u Bijeljinu.
Jedan dio izvora iznio je broj ubijenih civila na stotine ili moguće hiljadu, ali su Haški tribunal (ICTY) i tužilaštvo Republike Srbije za ratne zločine bili samo u mogućnosti potvrditi između 48 i 78 ubistava. Poslijeratne istrage su dokumentirale ubistva nešto iznad 250 civila svih etniciteta u općini Bijeljina tokom rata.
Nakon masakra, uslijedila je kampanja masovnog etničkog čišćenja nesrpskog stanovništva, sve su džamije porušene, a uspostavljeno je devet logora. Većina žrtava ubistava u Bijeljini nije zvanično popisana kao civilna žrtva rata, nego im se kao razlog smrti navodi “prirodna smrt.”
Logor ”Batković“ kod Bijeljine je formiran već 1. aprila 1992. godine, od tadašnjih jedinica Jugoslovenske narodne armije (JNA), a kroz njega je prošlo više od 4.000 logoraša bošnjačke i hrvatske nacionalnosti iz cijele Bosne i Hercegovine – od Ključa, Sanskog Mosta i Prijedora do istočne Bosne. Na desetine logoraša, muškaraca i žena, fizički i seksualno je zlostavljano, vođeno na prinudni poljoprivredni rad, na prve linije fronta i korišteno kao živi štit.
U julu 1992. godine logor je posjetila komisija Međunarodnog komiteta crvenog krsta (MKCK), u pratnji američkog senatora F. Wolfa, ali su čuvari prethodno sakrili sve logoraše mlađe od 18 i starije od 60 godina, a osim toga predstavnicima MKCK nije dozvoljeno popisivanje logoraša. Karakteristično je da je u novembru 1992. godine, veća grupa logoraša bošnjačke i hrvatske nacionalnosti, prebačena iz logora “Manjača” kod Banja Luke u logor “Batković”, tako da postoji veza između ovih logora.
Zatvaranje logora “Batković” se desilo tek krajem januara 1996. godine.
Protiv Željka Ražnatovića Haški tribunal potvrdio je optužnicu, ali su od sudske pravde bile brže Arkanove ubice. Biljana Plavšić priznala je u Haškom tribunalu da je učestvovala u pripremi etničkog čišćenja na širokom području, pa i onog u Bijeljini, te je osuđena na 11 godina. Zločini u Bijeljini uključeni su i u haške presude Mići Stanišiću, ministru unutrašnjih poslova RS-a, osuđenom na 22 godine, Momčilu Krajišniku, predsjedniku Skupštine RS-a, na 20 godina, Radovanu Karadžiću, predsjedniku RS-a i Ratku Mladiću, komandantu VRS-a osuđenim na doživotne robije.